飲用水微生物指標是一個重要指標，主要包括總大腸菌群、大腸埃希氏菌、菌落總數三項。總大腸菌群主要包括埃希氏菌屬、檸檬酸菌屬、克雷伯菌屬、腸桿菌屬4個菌屬。這些菌屬可以在人、畜糞便中檢出，有的也可以在營養豐富的水體中檢出，即在非糞便污染的情況下，也有檢出這些細菌的可能性。耐熱大腸菌群和總大腸菌群組成相同，但主要組成是埃希菌屬，在此菌屬中與人類生活密切相關的僅有一個種，即大腸埃希氏菌。檸檬酸菌屬、克雷伯菌屬和腸桿菌屬所占數量較少。作為糞便污染的指示菌，大腸埃希氏菌檢出的意義最大，其次是糞大腸菌群，總大腸菌群的衛生學意義稍遜一些。

酶底物法是檢測大腸埃希氏菌的主要方法，檢測原理是37℃ 培養 24h，產生β-半乳糖苷酶，分解選擇性培養基中的鄰硝基苯-β-D-吡喃半乳糖苷(ONPG)生成黃色的鄰硝基苯酚；同時產生β-葡萄糖醛酸酶，分解選擇性培養基中的4-甲基傘形酮-β-D-葡萄糖醛酸苷（MUG）釋放出熒光物質（4-甲基傘形酮）。大腸埃希氏菌檢測前的水樣采集至關重要，以下是具體規范：

1.大腸埃希氏菌采樣容器

潔凈磨口硬質玻璃瓶；潔凈聚乙烯瓶（桶或袋）；也可以使用符合要求的一次性采樣袋或采樣瓶。

2.大腸埃希氏菌采樣容器的洗滌

容器洗滌：將容器用自來水和洗滌劑洗滌，并用自來水徹底沖洗后用質量分數為10%的硝酸（或鹽酸）浸泡8h以上，然后依次用自來水和純水洗凈。

容器滅菌：可采用干熱或高壓蒸汽滅菌兩種。干熱滅菌要求160℃下維持2h；高壓蒸汽滅菌要求121℃下維持15min，高壓蒸汽滅菌后的容器如不立即使用，應置于60℃烘箱內將瓶內冷凝水烘干。滅菌后的容器應在2周內使用。

3.大腸埃希氏菌采樣要求

無菌操作。

不應用水樣蕩洗已滅菌的采樣瓶或采樣袋 。

避免手指和其他物品對瓶口或袋口的玷污。

自來水大腸埃希氏菌水樣：先將水龍頭用火焰燒灼3min滅菌再開放水龍頭使水流5min（經常用水的水龍頭放水1-3min）后，采集水樣。

水源水大腸埃希氏菌水樣：選有代表性的地點及可疑地方，一般距水面下10-15cm采集，采樣后在水中蓋好蓋子，再從水中取出。

大腸埃希氏菌水樣要從速送檢，在0~4℃下保存，水樣從采集到檢驗不應超過8h。