北美國家一般使用“糞大腸菌群”概念，如AOAC、FDA。SN中的“糞大腸菌群”概念為等同采用AOAC方法，故而使用糞大腸菌群概念；而歐洲使用“耐熱大腸菌群”概念，較少使用“糞大腸菌群”。一般歐洲學者認為，“糞大腸菌群”的提法不太科學，耐熱大腸菌群的范圍比糞大腸菌群范圍大。

作為一種衛生指標菌，耐熱大腸菌群中很可能含有糞源微生物，因此耐熱大腸菌群的存在表明可能受到了糞便污染，可能存在大腸桿菌。但是，耐熱大腸菌群的存在并不代表對人有什么直接的危害。

作為糞便污染指標菌，耐熱大腸菌群與大腸菌群、大腸桿菌相似，主要以其檢出情況來判斷水質是否受到了糞便污染。糞便是腸道排泄物，有健康者，也有腸道病患者或帶菌者糞便，所以糞便中既有正常腸道菌，也可能有腸道致病菌（如沙門氏菌、志賀式菌、霍亂弧菌、副溶血弧菌等）。因此，水質既然受到糞便污染就有可能對飲用者者造成潛在的危害。

通常情況下，耐熱大腸菌與大腸菌群相比，在人和動物糞便中所占的比例較大，而且由于在自然界容易死亡等原因，耐熱大腸菌群的存在可認為水質直接或間接的受到了比較近期的糞便污染。因而，耐熱大腸菌群在水質中的檢出，與大腸菌群相比，說明水質受到了更為不清潔的加工，腸道致病菌和中毒菌的可能性更大。

耐熱大腸菌群比大腸菌群能更貼切地反應水質受人和動物糞便污染的程度，且檢測方法比大腸桿菌簡單地多，而受到重視。